Colombia e Indonesia cuentan con los siguientes instrumentos que apoyan la agenda bilateral:

1. Convenio cultural y educativo.
2. Acuerdo de Cooperación Económica y Técnica.
3. Memorando de Entendimiento para el establecimiento de la comisión conjunta.
4. Acuerdo de exención de visado para pasaportes diplomáticos, oficiales y de servicio.
5. MoU en cooperación agrícola.
6. MoU entre Confecámaras y la Cámara de Industria y Comercio (KADIN).
7. Memorando de Entendimiento relativo a la cooperación en la lucha contra la producción ilícita, elaboración y tráfico de sustancias psicotrópicas, narcóticas y sus precursores.
8. Memorando de Entendimiento contra el lavado de activos y la financiación del terrorismo.
9. Memorando de Entendimiento en Cooperación en Salud.
10. Memorando BANCOLDEX  Colombia – Banco EXIM Indonesia.
11. Memorando de Entendimiento sobre Consultas Políticas. 5 de agosto de 2020.
12. Acuerdo de exención de Visas para portadores de pasaportes ordinarios. 5 de agosto de 2020.
13. Memorando de Entendimiento entre la Autoridad Indonesia de alimentos y medicamentos (BPOM) y el Instituto Nacional de Vigilancia de Medicamentos y Alimentos de Colombia (INVIMA). Mayo 2022.